Anime ini bercerita tentang Yona, putri tunggal kerajaan Kouka berambut merah yang terkenal manja dan kekanak-kanakan. Ia hidup dengan damai di istana bersama ayahnya yang anti senjata, Raja Il, dan pengawalnya yang juga merupakan teman mainnya sejak kecil, Son Hak dari klan angin. Sejak kecil, Yona jatuh cinta kepada Su Won, sepupunya yang ramah dan ceria. Namun, pada malam ulang tahunnya yang keenam belas, kehidupan Yona berubah total setelah ia menyaksikan Su Won membunuh ayahnya untuk mengambil alih tahta kerajaan. Sebagai saksi mata, Yona pun nyaris menjadi korban. Beruntungnya, Son Hak berhasil menyelamatkan dan membawanya keluar dari istana. Sejak saat itu, mereka berdua harus terus bersembunyi dari kejaran Suwon dan pasukan kerajaan. Insiden tersebut membuat Yona bertekad untuk membalaskan dendam ayahnya. Meskipun sebenarnya, Yona masih menyimpan perasaan cinta kepada Su Won.